Selon la tradition, le clan NYWAGI a pour ancêtre KANYWAGI, qui n'avait pas franchi le lac Mwitanzige, l'actuel lac Albert. C'est l'un de ses fils, NYAMUKERA, qui traversa le lac, bien avant la Conférence de Berlin, à l'époque du Royaume Bunyoro Kitara.
Les principaux clans Nywagi sont Mbale, Rubani, Nguka, Kasumba, Tsode, Konga, Dzwadzwa, Kahuma, Issagara, Rwabino, Mass et Beikamwa.
La Chefferie a été créée par le Décret du 2 mai 1910, sous l'appellation de Chefferie indigène de Banywagi, en Territoire de Gethy au Congo belge.
Vers 1934, elle perd son statut de chefferie et se trouve ramenée au rang de groupement, sous l'administration de la Chefferie indigène des Bahema Nord, en Territoire de Djugu.
Elle reprend son statut de chefferie en 1963, par la Décision n°21/1963 du 21 septembre 1963 du Commissaire de District de l'Ituri, Monsieur JAKERNGA Silver, prise en application du Décret du 10 mai 1957. Sa Majesté MANDRO STEFANO en devient le premier Chef.
Le chef-lieu a été transféré de Mandro à Tchomia, pendant la première année du règne de Sa Majesté Yves Kahwa Panga, par la lettre n°01/LBL/0655/BUR/PROGOU/H.Z/96 du 12 septembre 1996 du Gouverneur de la Province Orientale, alors Haut-Zaïre, répercutée par la lettre n°232/1255/96 du 18 octobre 1996 du Commissaire sous-régional de l'Ituri à Bunia.
La succession des chefs qui ont dirigé l'entité depuis environ 1750 est présentée dans la rubrique « Succession des chefs »